La formación de la colección del Museo Nacional de Bellas Artes se inició en la segunda mitad del siglo XIX, gracias a la iniciativa del escultor José Miguel Blanco, apoyado por el coronel Marcos Maturana quienes preocupados por la dispersión del patrimonio artístico chileno, contaron con el apoyo del gobierno para reunir 140 pinturas de artistas chilenos y extranjero que permitieron inaugurar el Museo Nacional de Pinturas el 18 de septiembre de 1880.
El primer acervo de obras se había conformado hacia 1849 por la Academia de Pintura que reunía los trabajos enviados por los artistas que obtenían becas de perfeccionamiento en el exterior para que los profesores de la Academia evaluaran sus avances. Asimismo, con frecuencia, entre viajes al extranjero, benefactores particulares habían donado copias y obras originales al Estado para ser distribuidas en edificios públicos.
La primera exposición de las obras reunidas para el nuevo Museo fueron exhibidas en dos salas contiguas en los altos del Congreso Nacional. La comisión de selección estuvo integrada por el coronel Marcos Maturana, el director de la Academia de Pintura Juan Mochi y el escultor José Miguel Blanco.
En 1887, el Museo Nacional de Pinturas se trasladó al Partenón de la Quinta Normal, bajo el nombre de Museo de Bellas Artes. Con el paso del tiempo, las colecciones fueron aumentando y en 1901, la compra de una colección de copias de obras universales se sumó a las obras adquiridas para la Academia de Pintura, reduciendo el espacio de exhibición.
El aumento de la colección posteriormente dio lugar a la construcción del Palacio de Bellas Artes inaugurado el 21 de septiembre de 1910 con una gran Exposición Internacional.
Hacia 1911, según consta en el catálogo del museo de ese año, la colección de esculturas sumaba 147 obras, sin embargo menos de una docena eran originales, el resto eran copias. La cantidad de copias de pinturas era también considerable.
En total cerca de 500. Las colecciones se siguieron incrementando con adquisiciones a los artistas ganadores de los Salones Oficiales y donaciones importantes personalidades de la época.
El 18 de noviembre de 1929, el Museo de Bellas Artes pasó a depender de la Dirección General de Bibliotecas, Archivos y Museos. Al año siguiente, en conmemoración del cincuentenario de la institución, se realizó una exposición extraordinaria de arte chileno donde se mostró la colección del benefactor Luis Álvarez Urquieta, que posteriormente fue adquirida por el museo. A ella se sumaron algunas donaciones, como la de Santiago Ossa y Carlos Cousiño. Luego vino una segunda exposición extraordinaria en 1931, en la que se expusieron las últimas donaciones llegadas al Museo.
En 1991, se aprobó la ley de donaciones culturales, que facilitó la colaboración del sector privado para adquisición de nuevas obras, canalizada a través de la Fundación Bellas Artes, creada durante la dirección de Nena Ossa.
Actualmente El MNBA conserva colecciones de arte chileno y extranjero desde la Colonia hasta nuestros días, sumando más de cinco mil piezas. Éstas se exhiben a través de la muestra permanente que se estructura a través de diversas temáticas.
La clasificación descriptiva de las colecciones que se ha configurado a través del tiempo en catálogos y distintas publicaciones es:
Colección de Pintura chilena, Colección de Escultura Chilena, Colección de Grabados, Colección de Fotografía, Colección de Pintura española, El siglo de oro en Holanda, Colección de Pintura y dibujos italianos de los siglos XV-XVII, Colección de Escultura Africana.
